按潔凈室主要控制對象劃分潔凈室又可劃分為：工業(yè)潔凈室、生物潔凈室。

1、工業(yè)潔凈室

工業(yè)潔凈室主要的控制對象是灰塵粒子（不分有生命的、無生命的）,某些工藝過程還要求控制分子態(tài)污染物AMC。

工業(yè)潔凈室主要應用在電子、航天、航空、機械、化工、化學制藥、能源、納米等工業(yè)中。尤其是電子工業(yè)和光電子工業(yè)更是離不開潔凈室和潔凈技術(shù)。

2、生物潔凈室

生物潔凈室主要控制對象是有生命的、活的微生物粒子，如病菌、病毒等對人類、動物、環(huán)境有害的粒子。

生物潔凈室廣泛地應用在醫(yī)療（潔凈手術(shù)室、潔凈病房）、生物制藥、實驗動物飼養(yǎng)、生物安全實驗室、衛(wèi)生防疫檢疫的事業(yè)中。生物潔凈室的發(fā)展速度非?？?，而且得到了各方的認同和重視。